Таким образом, у цепей молекулы ДНК, а также у всех видов РНК, есть два конца – 3` и 5`. При этом у двухцепочечной ДНК ориентация двух цепей относительно друг друга в составе молекулы различная: у одной цепи ДНК 3`-конец расположен слева, а 5`-конец – справа, а у другой – наоборот.
Связь между нуклеотидами 3´-5´-фосфодиэфирная. Связь образуется между 3´-ОН-группой остатка дезоксирибозы одного нуклеотида и 5´-остатком фосфорной кислоты другого. У молекулы есть 3´-конец и 5´-конец. одной полинуклеотидной цепи.
В цепочках ДНК эти нуклеотиды располагаются параллельно друг другу строгими парами: аденин только с тимином, а гуанин только с цитозином. Необходимо подчеркнуть, что молекула дезоксирибонуклеиновой кислоты ни целиком, ни частично не может (или не должна) покинуть пределов ядра.