Выбирают после того, как вывелось свыше 70% утят и у них полностью высох пух. При инкубации яиц мускусных уток укладку 38 яиц в лотки проводят не в наклонном или вертикальном положении острым концом вниз, как у обычных уток, а в горизонтальном, что обеспечивает лучшее развитие эмбриона.
Срок хранения яиц мускусных уток может быть до 10 суток. По некоторых данным, не снижает их выводимости и хранение в течение 14 суток. Это возможно, если получать яйца с чистой скорлупой.
Необходимо проконтролировать наличие в хозяйстве селезня, чтобы гарантировать их оплодотворение. До закладки яйца необходимо переворачивать два-три раза в день, чтобы эмбрион формировался равномерно, а прямо перед началом инкубации нужно промыть яйца слабым раствором перманганата калия и просушить.