Первый Ил-96-300 поступил на службу в «Аэрофлот» в 1993 году. В настоящее время используется только ГТК Россия в качестве VIP-транспорта и кубинской Cubana, в том числе в качестве транспорта президента Кубы. Производится серийно на заводе ВАСО в Воронеже.
Ил—96 никогда не пользовался популярностью у авиакомпаний. В России его в небольших количествах использовали Домодедовские авиалинии и Аэрофлот, но первая компания обанкротилась еще в 2008 году, а Аэрофлот полностью отказался от него в 2014 году.
Серийное производство Ил—96-300 началось в 1992 году, а его коммерческая эксплуатация в 1993-м. Всего построено 22 самолета, один из которых в специальном варианте для перевозки Президента РФ (Ил—96-300ПУ).
В "Аэрофлоте" в свое время отказались от Ил—96 по причине топливной неэффективности — четыре двигателя все же съедают керосина больше, чем его западные двухдвигательные аналоги. Кстати, как известно, вариант самолета с двумя двигателями уже давно разрабатывается в ОКБ им. С.