Джонс перестал выполнять свои обязательства и в отместку выдал её первому союзу пиратских баронов, решивших пленить её, заключив в тело земной женщины. Джонс вырезал из груди своё сердце и заключил его в сундук, став навечно капитаном «Летучего голландца».
Корабль «Летучий голландец» принадлежал Голландской Ост-Индской компании, а перевозили на нём самые разные товары: шёлк, специи и краску. Капитаном судна был человек по имени Хендрик Ван дер Декен (Hendrick Van der Decken), совершивший много успешных рейсов.
Джонс способен вызывать Кракена со своего корабля, натравляя его на корабли неприятелей. Именно Кракен забрал Джека Воробья в тайник Дэйви Джонса. В третьем фильме Кракена обнаружили на острове мёртвым. В дальнейшем оказалось, что его убил Дэйви Джонс по приказу Беккета.