Фактически, с 1585 года, 13 из 14 лет правления Фёдора Иоанновича — Россией правил Борис Годунов.
Ситуация осложнялась тем, что многие готовы были принять на веру слова лженаследника престола. Градус народного недовольства повышался, и Годунов не мог чувствовать себя на троне уверенно. Эти обстоятельства породили слухи о том, что царь отчаялся и покончил с собой, избежав тем самым мучительной насильственной смерти.
13 (23) апреля 1605 г. Борис Фёдорович Годунов при невыясненных обстоятельствах скончался у себя во дворце Кремля. По официальной версии, царь умер от апоплексического удара. Он был похоронен в Архангельском соборе Кремля.
Последнему удалось одержать верх, и уже через год после вступления Федора на престол фактическим правителем страны стал всемогущий боярин, на сестре которого, Ирине Годуновой, был женат русский царь.